不動産売却時の譲渡所得税についてのポイント９選
令和７年９月版
不動産売却時の譲渡所得税についてのポイント９選
不動産を売却して利益（譲渡所得）が出たときには所得税・住民税が課されます。特に「居住用財産の3,000万円特別控除」は節税効果が大きく、適用要件を正しく理解しておくことが重要です。本記事では計算式、税率、適用条件、事例やQ&Aまで丁寧に解説します。
1. 譲渡所得税の基本（何が課税される？）
譲渡所得は、売却による収入（譲渡価額）から、その不動産の取得費や譲渡費用、適用可能な特別控除を差し引いて求めます。算出した課税譲渡所得に対して税率を乗じ、所得税と住民税が決まります。
基本の計算式
課税譲渡所得金額＝譲渡価額 −（取得費＋譲渡費用） − 特別控除
2. 所有期間と税率（短期・長期の区分）
譲渡した年の1月1日時点の所有期間が5年以下なら「短期譲渡所得」、5年超なら「長期譲渡所得」として区分され、税率が異なります。※所有期間は被相続人から引き継いだ場合は被相続人の取得日から計算します。
| 区分 | 所得税（標準） | 住民税 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 短期（所有5年以下） | 15%（実効では約30%の合算表示） | 9%（合計30%） | 課税額＝課税譲渡所得×30%（住民税9%含む）※所得税に復興特別所得税が別途かかる）。 |
| 長期（所有5年超） | 15%（所得税） | 5%（住民税） | 合計で20%（＋復興特別所得税）。 |
計算例（長期保有で売却）
売却価格：4,000万円、取得費（購入価格）：1,500万円、譲渡費用：100万円、特別控除：3,000万円（居住用特例適用）と仮定。
課税譲渡所得＝4,000 −（1,500＋100）−3,000＝−600万円 → 課税所得が0円（税金なし）。（特別控除が譲渡益を上回る場合は課税なし）
住民税・復興特別所得税を含めた税率の目安
| 区分 | 所得税 | 住民税 | 合計（復興特別所得税を含む） |
|---|---|---|---|
| 短期（所有5年以下） | 30% | 9% | 39.63% |
| 長期（所有5年超） | 15% | 5% | 20.315% |
| マイホームで所有10年超（課税譲渡所得6,000万円以下の部分） | 10% | 4% | 14.21% |
※復興特別所得税として、所得税額の2.1%が上乗せされます。
マイホーム（居住用財産）で、売った年の1月1日時点で建物・土地ともに所有期間が10年を超えている場合は、上の表のいちばん下の「軽減税率の特例」が使えます。3,000万円特別控除と重ねて使えるため、控除後に残った利益にかかる税金をさらに抑えられます。前年・前々年にこの特例を使っていないことなどの要件があります。
取得費・譲渡費用に入るもの
税金を正しく計算するには、「いくらで買ったか（取得費）」と「売るのにいくらかかったか（譲渡費用）」をもれなく集めることが大切です。
- 取得費：購入代金（建物は、所有期間に応じた減価償却分を差し引きます）、購入時の仲介手数料、登記費用、購入後のリフォームなど改良にかかった費用など
- 譲渡費用：売却時の仲介手数料、売買契約書の印紙代、測量費、売るために建物を取り壊した費用など
購入時の契約書や領収書が残っていると、取得費を実際の金額で計算できます。売却を考え始めたら、早めに探しておきましょう。
3. 「居住用財産の3,000万円特別控除」とは？
自分の住んでいる住宅（＝マイホーム）を譲渡した場合、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度です。所有期間の長短に関係なく適用できる点が特徴です。
適用要件（要点）
- 譲渡した家屋が「居住用財産」であること（譲渡の直前まで居住していた、あるいは一定の要件で住まなくなってから3年以内の譲渡などが対象）。
- 同一生計配偶者や親族間での譲渡に制限がある等、適用除外となるケースに注意。
- 他の特例（買い換えの特例など）との併用制限があるため、適用順序や合算限度に注意。
ポイント：居住用3,000万円控除は誤用や誤解が多い特例です。適用可否は事案ごとに異なるので、税理士や税務署の確認をおすすめします。
4. 特例の併用・優先順位
国税庁が示すように、譲渡所得に対する特別控除は種類ごとに順序があり、年間合計で控除できる額に上限があります。たとえば公共事業の5,000万円控除や居住用の3,000万円控除などがそれに当たります。
5. 実務でよくあるケースと注意点
1) 被相続人の居住用住宅（相続した家）を売る場合
被相続人が住んでいた家を相続した場合でも、一定の条件を満たせば3,000万円控除が使える特例があります（要件が複雑）。必ず専門家に確認を。
2) 買い替え（買換え特例）を使う場合
一定の要件のもとで譲渡益の課税を将来に繰り延べできる制度があります（適用期限などに注意）。マイホームの買換え特例の適用期限は、2026年10月時点で令和9年（2027年）12月31日までの売却です。期限付きの特例のため、最新の期限を国税庁のホームページで確認してください。
3) 取得費が不明な場合の取り扱い
取得費が不明な場合、譲渡価額の5%を概算取得費として用いるルールがあります（実際の計算や判定は慎重に）。
6. 確定申告と納税の流れ
譲渡した年分の確定申告期間（翌年2月16日〜3月15日）に譲渡所得の申告と税金の納付を行います。源泉徴収されるケース（不動産業者が源泉徴収する場合）や申告分離課税の計算方法など、ケースに応じた対応が必要です。
7. 事例で理解する（具体的な数値例）
事例A（居住用で3,000万円控除が使えるケース）
売却価格：5,000万円、取得費：2,000万円、譲渡費用：200万円、居住用3,000万円控除を適用。
課税譲渡所得＝5,000−(2,000＋200)−3,000＝−200万円 → 課税所得0円（税金なし）。
事例B（控除適用外のケース）
売却価格：3,500万円、取得費：1,800万円、譲渡費用：150万円、居住用要件を満たさないため控除なし。
課税譲渡所得＝3,500−(1,800＋150)＝1,550万円。
長期（税率20%合計）なら税額＝1,550×20%＝310万円（復興特別税別途）。
8. よくある質問（Q&A）
Q1. 3,000万円控除は誰でも使えますか？
A. 要件（居住していたこと、譲渡時期の条件、親族間譲渡の制限など）を満たす必要があります。被相続人の居住用住宅を相続した場合の特例など例外的な適用もありますので、適用可否は確認が必要です。
Q2. 譲渡損失が出た場合、損益通算できますか？
A. 不動産の譲渡損失は、原則として給与所得などとの損益通算はできません。ただし、マイホーム（居住用財産）を売って損失が出た場合は、一定の要件を満たせば損益通算や翌年以降への繰越控除ができる特例があります（国税庁 タックスアンサー No.3370・No.3390）。
Q3. 申告を忘れていたらどうなる？
A. 加算税や延滞税が課される可能性があります。過去分の訂正申告や更正の請求について税務署と相談してください。
Q4. 住宅ローンが残っていると、税金は変わりますか？
A. 変わりません。譲渡所得は「売却価格 −（取得費＋譲渡費用）− 特別控除」で計算し、住宅ローンの残高は計算に入りません。売却代金でローンを返して手元にお金がほとんど残らなくても、利益が出ていれば税金がかかることがあります。ローンの返済額だけでなく、税金も含めた手取り額を事前に試算しておきましょう。
9. まとめとワンポイントアドバイス
譲渡所得税は制度が複雑で特例も多いため、売却を検討したら早めに税理士や不動産会社に相談してシミュレーションを行うことをおすすめします。特に「居住用3,000万円控除」は節税効果が大きく、適用できるかどうかで税額が大きく変わります。最新の法令や適用期限は国税庁の公式情報で確認してください。
